Μπορεί να μην το γνωρίζουν πολλοί, αλλά το τμήμα καταδύσεων του Παναθηναϊκού, βρίσκεται αρκετά χρόνια στο χώρο, έχοντας μάλιστα και πολλές επιτυχίες.
Η ίδρυση του εν λόγω τμήματος έγινε το 1945, έχοντας στο παλμαρέ του 3 Πανελλήνια πρωταθλήματα καταδύσεων, 19 ατομικά πρωταθλήματα στην πλατφόρμα ανδρών και 6 ατομικά πρωταθλήματα στο τραμπολίνο ανδρών.
Ένας από τους αθλητές που πρωταγωνιστούσε με τους Πράσινους ήταν ο Γιώργος Καναρέλης, ο οποίος βρισκόταν στον Παναθηναϊκό μέχρι και το 1962, ενώ από το 1969 μέχρι το 1975, ο Παναθηναϊκός ήταν ο απόλυτος κυρίαρχος στις πισίνες.
Το 2011 επανιδρύθηκε το τμήμα καταδύσεων, αλλά σε επίπεδο ακαδημιών, οι οποίες έχουν φέρει κι αυτές με τη σειρά τους πολλές επιτυχίες.
Το 2013 οι μικροί κατέκτησαν το Κύπελλο Άνοιξης, ο οποίος μάλιστα ήταν ο πρώτος τίτλος μετά από 38 χρόνια. Οι επιτυχίες δεν σταμάτησαν εκεί καθώς τον Ιούνιο πήραν το Πανελλήνιο πρωτάθλημα μικρών κατηγοριών.
Το 2014 κατέκτησαν το πρωτάθλημα στην Α-Β κατηγορία, καθώς και τα Κύπελλα Χριστουγέννων και Άνοιξης. Από το 2015 ως το 2018 ο Παναθηναϊκός πήρε σερί τρία πρωταθλήματα Ελλάδας με καλύτερη χρονιά αυτή του 2015.
Τότε, το τμήμα καταδύσεων έφερε 5 επίσημους τίτλους (πρωτάθλημα ανδρών-γυναικών, το πρωτάθλημα ανδρών, το πρωτάθλημα αγοριών-κοριτσιών γενικής Α-Β Κατηγορίας, το πρωτάθλημα αγοριών Α-Β Κατηγορίας και το κύπελλο Χριστουγέννων Αγόρια-Κορίτσια Γ΄-Δ΄ Κατηγορίας), συνεχίζοντας τις καλές εμφανίσεις του παρελθόντος.
