Η επίσημη ιστοσελίδα του Ερασιτέχνη Παναθηναϊκού παρουσιάζει την καλύτερη χρονιά του γυναικείου τμήματος μπάσκετ, το οποίο μάλιστα είναι το παλαιότερο από τα γυναικεία τμήματα. Έτος ίδρυσής του ήταν το 1937.
Όπως αναφέρει και ο τίτλος, η καλύτερη χρονιά για το εν λόγω τμήμα ήταν αυτή του 1999-2000. Τότε, επί προεδρίας Θοδωρή Αλούπη το γυναικείο τμήμα έκανε το νταμπλ, κατακτώντας πρωτάθλημα και κύπελλο αντίστοιχα. Στην ομάδα συμμετείχαν οι Ρόμπινσον, Βαν Γκορπ, Καλεντζου, Νικολαϊδου, Παπαδήμου, Παπαμιχαήλ, Τριαλώνη, Λιάκου, Κουμιώτη και Ρογκίτη, ενώ προπονήτρια ήταν η Γιασεμή Σαμαντούρα.
Έτσι, το τμήμα μπάσκετ γυναικών έκανε την καλύτερη δυνατή είσοδο στη νέα χιλιετία, ενώ και το ανδρικό ακολούθησε τα βήματα των γυναικών, κατακτώντας το πρωτάθλημα της τότε περιόδου, αλλά και τη δεύτερη Euroleague, της οποίας το Final Four διεξήχθη στη Θεσσαλονίκη.